一、板框导航操作
当我们设计了原理图，生成了网表，下一步就要进行PCB设计。首先要画一个边框， 我们可以借助板框导航，来画边框。在"File"下选择"New"中的"Wizards",在选取"Prin ted Circuit Board Wizard",点击"OK"即可，按照显示对话框的每一步提示，完成板框设计。
二、布局设计操作
Protel 99可以进行自动布局,也可以进行手动布局。如果进行自动布局，运行"Tools"下 面的"Auto Place"。用鼠标选中一个元件，按住鼠标左键不放，拖住这个元件到达目的地，放开左键，将该元件固定。Protel 99新的交互式布局选项包含自动选择和自动对齐。使用自动选择方式可以很快地收集相似封装的元件，然后旋转、展开和整理成组，就可以移动倒板上所需位置上了。当简易的布局完成后，使用自动对齐方式整齐地展开或缩紧一组封装相似的元件。
三、布线设计
在布线之前先要设置布线方式和布线规则。Protel 99有三中布线方式：忽略障碍布线,避免障碍布线,推挤布线。 我们可以根据需要选用不同的布线方式，在"Tools"工具菜单下选择"Preferences"优选项中选择不同的布线方式。也可以使用"SHIFT+R"快捷键在三种方式之间切换。 接着选择布线规则，在"Design"下选择"Rules"对话框，选择不同网络布线的线宽，布线 方式，布线的层数，安全间距，过孔大小等。
Protel99提供了很好的在线检查工具"Online DRC"随时检查 布线错误。如果修改一条导线,只需重画一条线。
四、电气规则检查
当一块线路板已经设计好，我们要检查布线是否有错误，Protel99提供了很好的检查工具"DRC" 自动规则检查。只要运行"Tools"下的"Design Rlue Check",计算机会自动将检 查结果列出来。
五、信号完整性分析
当PCB设计变得更复杂，具有更高的时钟速度、更高的器件开关速度以及高密度，在设计加工前进行信号的完整性分析变得更尤为重要。
Protel99包含一个高级的信号完整性仿真器，它能分析PCB设计和检查设计参数的功能，测试过冲、下冲、阻抗和信号斜率要求。信号完整性仿真使用线路的特性阻抗、通过传输线计算、I/O缓冲器宏模型信息，做为仿真的输入。它是基于快速的反射和串扰模拟器，采用经工业证实的算法，产生非常精确 的仿真。
六、生成GERBER文件
生成"GERBER"具体操作如下：
首先打开一个设计好的PCB文件"Z80 Microprocessor.ddb"设计数据库中的"Z80 Pr ocessor board.pcb"文件，选择"File"主菜单下的"Setup Printer"，点亮第一项"Prot el Gerber RS274" 在"Option"弹出菜单中选择建立光圈文件，点击"Aperture Library"选项，在"Apertures"对话框中选"Creater List From PCB",自动抽取光圈文件 。在"Save to APT File"中存一个文件名。返回"Setup Printer"菜单，点取"Layers"设 置输出光绘文件的层数，在所有用到的层前打对勾"√"，然后选择"OK"返回打印机设置 ，按下"Print",就可生成光绘文件。
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